Thôi Kỳ sinh tại một làng quê thuộc huyện Bảo Phong, tỉnh Hà Nam, là con của một gia đình nông dân. Vào thời ông sinh ra, Trung Quốc đầy những thiên tai và chiến tranh. Khi còn niên thiếu, ông học ở trường làng.

Năm 1951, ông sang Hồng Kông, học ở Trường trung học Bồi Chính tại bán đảo Cửu Long, và tốt nghiệp năm 1957. Ông được thâu nhận vào trường Y học Đại học quốc gia Đài Loan ở Đài Bắc, Đài Loan. Năm 1958, ông được một học bổng toàn phần để sang học ở Augustana College tại Rock Island, Illinois, Hoa Kỳ.

Sau khi tốt nghiệp, ông tiếp tục học Vật lý học ở Đại học Chicago và đậu bằng tiến sĩ vật lý năm 1967. Ông làm nghiên cứu sau tiến sĩ ở Đại học Chicago. Năm 1968, ông vào làm việc ở Bell Labs, và là người tiên phong trong nghiên cứu các điện tử 2 chiều.

Lãnh vực nghiên cứu của Thôi Kì gồm các đặc tính điện của phim mỏng cùng các vi cấu trúc của các chất bán dẫn và Vật lý chất rắn. Hiện nay ông là giáo sư chức Arthur LeGrand Doty môn Kĩ thuật điện ở Đại học Princeton và nhà khoa học nghiên cứu ở Phân khoa Vật lý Đại học Columbia, nơi ông từng là giáo sư thỉnh giảng từ năm 2006 tới 2008.

Phát hiện fractional quantum Hall effect (Hiệu ứng Hall lượng tử phân số) – công trình mang lại Giải Nobel cho ông - xảy ra ngay trước khi ông được bổ nhiệm làm giáo sư Kĩ thuật điện ở Đại học Princeton năm 1982.